Так как документ расположен на файловом сервере Linux, первым делом были проверены права пользователя на запись в данный файл. Запись разрешена. Так-же с помощью lsof удостоверились, что в данный момент времени файл никем не открыт. Эта же чудесная утилита помогла направить поток мыслей в нужную сторону 🙂 При открытии файла пользователем, у которого имеется проблема, lsof показывает, что файл открыт дважды, хотя он его открывает, естественно, только один раз. При попытке открытия файла напрямую из меню LibreOffice, закрыв файловый менеджер и минуя его, тот открывается без проблем. Ну и финальная ниточка, ведущая к запутанному клубку — при попытке удаления этого файла (с сохранением копии естественно;), появляется ошибка о том, что документ используется проводником. Да, все дороги ведут к проводнику Windows), но в данном случае, это не глючность винды. Вся соль в дополнении к LibreOffice, которое должно взаимодействовать с проводником Windows для более информативного предпросмотра документов, но в данном случае, при определённом стечении обстоятельств циклится и занимает файл, не давая его открыть в LibreOffice из проводника. Так как с моей точки зрения это дополнение здесь и так лишнее, не говоря уже о ошибке, которую оно вызывает, проблема была решена его удалением, запустив изменение установки LibreOffice и снятия галочки с этого компонента.

В преть, буду снимать эту галочку ещё на этапе будущих инсталляций, чего и вам советую 🙂