Для починки раскладки в Ubuntu + GNOME везде советуют это:
user $user $gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.keyboard active false
setxkbmap -option «grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll,compose:ralt»
Первая команда отключает гномовский индикатор раскладки, так что он работать не будет. Зато вторая команда должна зажигать/гасить лампочку на Scroll Lock (при её наличии) в зависимости от выбранной раскладки. Также вторая команда вешает переключение раскладок на Alt+Shift, а Compose Key — на правый Alt. Читать