Всё, как обычно, оказалось тривиально. Прямо как говорила наш преподаватель по мат. анализу=) У команды grep есть подходящий для этой задачи набор флагов:

grep -v -x -f except.txt source.txt, где

• -v  отобрать не совпавшие с шаблоном строки
• -x сравнивать строку целиком
• -f except.txt файл с набором шаблонов для поиска, разделенных переносом строки
• source.txt — исходный файл для поиска и исключения вхождений из файла except.txt (естественно, его можно заменить на подачу через пайп)