По умолчанию в убунту пользователю root запрещен вход через ssh. Для открытия доступа нужно выполнить следующие действия:

Получаем права суперпользователя

 $ sudo bash

Открываем на редактирование конфигурацию sshd

 $ nano /etc/ssh/sshd_config

Находим и раскомментируем строку

 #PermitRootLogin prohibit-password

Вместо phohibit-password вписываем yes, сохраняем, закрываем и перезапускаем сервис ssh

 $ service ssh restart

Теперь зададим пароль для пользователя root

 $ passwd root

Готово, теперь можно цепляться к хосту под root`ом.

Если необходимо авторизоваться под root`ом без пароля, с использованием сертификата, то после выполнения ssh-copy-id нужно изменить значение параметра PermitRootLogin и снова перезапустить сервис ssh

 PermitRootLogin without-password