Такая ошибка вываливается тогда, когда на одной архитектуре (скажем, 64bit), вы пытаетесь использовать rrd-шки, созданные на другой (32bit).
Починить можно, перегнав rrd-шку в xml на старой системе, а затем обратно — на новой.
Например, на старой системе выполняем:

rrdtool dump sometest.rrd > sometest.xml

На новой:

rrdtool restore sometest.xml sometest.rrd

Если же файлов много, то можно сделать это так:
На старой системе:

for i in `find -name «*.rrd»`; do rrdtool dump $i > $i.xml; done

На новой:

for i in `find -name «*.xml»`; do rrdtool restore $i `echo $i |sed s/.xml//g`; done